作为政府绩效管理的重要一环，“预算绩效管理”是一种以支出结果为导向的预算管理模式。意见明确，“十二五”期间市级部门要建立绩效报告和公开制度。向财政部门说明预算绩效的完成进度、存在问题、整改措施，并公开预算绩效信息，主动接受社会监督。
年度预算应根据部门事业发展计划制定，所列项目按轻重缓急排序，做滚动管理。在编制年度预算的同时，制定绩效目标，其内容及指标应清晰、量化、便于考核，并由上级主管部门负责审核。
为保证预算花到刀刃上，本市将实行绩效奖惩和问责制度。部门预算绩效管理不达标，将采取收回预算资金等形式做出问责。部门绩效评价结果与下一年度预算安排挂钩，表现较好的部门项目给与优先考虑或重点支持，较差的则减少预算甚至取消。
根据意见，预算绩效管理工作引入事前评估、事中监控跟踪、事后自评的机制。财政部门对重点预算项目的必要性、可行性、绩效目标设置的科学性、申请资金额度的合理性、财政支持方式等进行论证和安排；对预算执行过程进行动态监控，规范政府采购行为，确保资金安全运行。主管部门对绩效目标的完成情况跟踪管理、督促检查，当与目标发生偏离时，及时采取矫正措施。预算执行结束后，部门开展绩效自评，并上报财政部门备案，以便查找资金使用和管理的薄弱环节。